کاربرد بیوانفورماتیک و مهندسی ژن جهت طراحی کلون بهینه، برای افزایش تولید پروتیین فعال کننده ی نوتروفیل هلیکوباکترپیلوری در اشریشیا کلی

چکیده زمینه و هدف: پروتیین فعال کننده ی نوتروفیل درهلیکوباکترپیلوری (hp-nap) از مهم ترین فاکتورهای بیماری زای این باکتری است که از اهمیت به سزایی در ایجاد ایمنی حفاظتی برعلیه این پاتوژن برخوردار است. این آنتی ژن کاندیدای بسیار مطرحی به عنوان بخشی از واکسن های چند قسمتی برعلیه این باکتری در مطالعات کلینیکی می باشد. به دلیل اهمیت پروتیین hp-nap، در این مطالعه از آن به عنوان الگویی برای بهینه کردن ژن های هترولوگ که محتوای تیمین و آدنین بالا و میزان بیان پایینی در باکتری اشریشیاکلی دارند، استفاده شد. روش بررسی: با کاربرد علوم بیوانفورماتیک ژن کد کننده ی این پروتیین برای بیان حداکثری در میزبان مربوطه بهینه و سپس ساخته شد. یافته ها: در بهینه کردن ژن hp-nap عوامل مختلفی تغییر داده شد. کدن ها به کدن های رایج در باکتری اشریشیا کلی تغییر کرد، محتوای g+c از 38 درصد به 45 درصد افزایش یافت و ساختارهای فضایی نامناسب در ساختمان دوم mrna شکسته شد، این تغییرات منجر به طولانی شدن نیمه عمر mrna و افزایش قابل ملاحظه ی بیان پروتیین نوترکیب hp-nap به میزان حداقل 800 میلی گرم در لیتر گردید. نتیجه گیری: کاربرد ابزار بیوانفورماتیک در افزایش و بهینه سازی بیان پروتیین hp-napدر باکتری اشریشیا کلی موفق بود. با توجه به نتایج این مطالعه به نظر می رسد کاربرد این ابزارها روشی منطقی در بهینه کردن ژن هایی با منشا متفاوت جهت بیان در میزبان های بیانی دیگر باشد.